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但学术查重并不能甄别全部的参考文献，只有符合格式的参考文献才会学术甄别起来，这也就说明只有参考文献的格式标准且正确的阶段，学术才能将该部分参考文献排除出查重范畴。因此学术查重不包括格式正确的参考文献。
但近来导致极多硕士生研究生的毕业论文参考文献标红的景况，这主要还是有两个种类事由，首先是这些同学的毕业论文参考文献的格式不正确，格式不正确的毕业论文参考文献，学术毕业论文检测系统入口是不能够甄别的，只能作毕业论文正文进行查重，有一个事由是这些硕士生研究生应用的学术毕业论文检测系统入口却不正规的，只有正规的学术毕业论文检测系统入口是具有毕业论文格式甄别功能的，导致毕业论文参考文献标红的硕士生研究生需要用到确定本人的毕业论文格式是不是正确，应用的学术毕业论文检测系统入口是不是正规。
最后总结，学术查重时参考文献一般来看是不参与的，如果参考文献导致重复部分，则表述估计应用的查重系统却不正规有效的学术查重，这时候一定在市面上找譬如”这类靠谱的学术查重平台进行毕业论文查重，若参考文献依旧导致重复，则表述参考文献的格式可以错误，学术查重是不能够自动识别该部分为参考文献部分，最后，祝同学们都会正常大学毕业生。