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但情况是，你毕业论文中的参考文献部分应该需要准确的进行标识，于此类似学术查重软件在测试时才会进行鉴别，查重软件鉴别出的参考文献内容就会不参与毕业论文的重复率测试。之所以这样一些格式不精准，不用标明参考文献的内容，是会学术认定是内容内容一块参与到测试中的。还有一个事由就可能是你应用的学术查重查重软件并不是正规的学术查重，由于这种平台并不是正规的学术查重查重软件，故而就使得无法鉴别出参考文献部分，进而使得毕业论文中的参考文献被标红。
综上，学术查重并不包括参考文献，学术查重一般而言只对毕业论文的纲要部分、英语纲要部分、内容部分及附录部分进行查重，而参考文献并不会在学术查重范畴以内。故而，毕业论文作者不用担心因应该需要罗列非常多的参考文献在毕业论文当中。
但是，仅有正规的学术才会鉴别参考文献，而且其还有一个前置性要求是参考文献格式准确，这也正就意味着毕业论文作者应该到学术不端网的“学术查重入口”等正规的学术查重平台进行查重，且要依据规定写参考文献，保障学术有机会鉴别。