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但学术查重并不能甄别全部的参考文献，仅有符合格式的参考文献才会学术甄别出来，这也就说明仅有参考文献的格式标准且准确的阶段，学术方可才能将该部分参考文献排除出查重范围。
因此学术查重不包括格式准确的参考文献。怎么学术查重报告中有时会将参考文献部分标红呢？有以下两个缘故，有可能毕业论文作者选用了不正规的学术查重系统对毕业论文查重，而这些不正规的学术查重系统并非正规的学术查重，由此没可能甄别参考文献，进而引发参考文献飘红；二是毕业论文的参考文献格式不准确，引发学术查重系统没可能准确甄别该部分的参考文献，使得将该参考文献部分标红，万一该部分参考文献格式准确就会学术查重甄别，使得不会揽入查重范围以内。
综上所述，学术查重并不包括参考文献，学术查重一般来说只针对毕业论文的摘录部分、外语摘录部分、正文部分及附录部分来查重，而参考文献并不会在学术查重范围左右。
由此，毕业论文作者不用担忧因就要罗列非常多的参考文献在毕业论文中。
但，仅有正规的学术才能够甄别参考文献，此外其还有一个前置性情况是参考文献格式准确，这也说明毕业论文作者应当到学术不端网的“学术查重入口”等正规的学术查重店铺来查重，且要依据规定设计参考文献，保障学术会甄别。